Dem heutigen Zustand des früheren Bischofssitzes geht eine komplexe Entwicklungsgeschichte voraus. Er ist aufs engste mit dem Kreuzgang und der Niklauskapelle verbunden, in deren Obergeschoss sich der ehemalige Konzilssaal befindet. Und der Fussboden des grossen Münstersaals überdeckt die Halle zwischen dem grossen und kleinen Kreuzgang. Unsere Betrachtung wird sich jedoch auf wenige Interieurs konzentrieren: auf den Konzilssaal, den Münstersaal, die Rotberg-Stube und die Privatkapelle des Bischofs.
Nach dem Erdbeben wurde die zweigeschossige Niklauskapelle aus dem 13. Jahrhundert wieder hergerichtet und erhielt - dendrochronologisch in die 1370er Jahre datiert - einen Dachstuhl. Die umlaufenden Sitzbänke mit den unterschiedlichen Öffnungen des seit damals zum Kapitelsaal bestimmten Obergeschosses stammen aus derselben Zeit, möglicherweise auch schon der jedenfalls mittelalterliche Kachelfussboden. Ob tatsächlich unter den Bänken die Hunde der Domherren ihr Plätzchen hatten, wie des Öfteren vermutet, muss offen bleiben. Nach 1431 fanden in dem Raum Kommissionssitzungen des Konzils statt, daher der Name. Ab 1856 war hier und in der Kapelle darunter von Wilhelm Wackernagel die Mittelalterliche Sammlung untergebracht worden, die den Kern des 1894 in der Barfüsserkirche eröffneten Historischen Museums bildete.
Der Münstersaal entstand zwischen 1360 und 1380 und diente als Refektorium der Domherren. Während des Konzils (1431-1448) wurde er zum Veranstaltungsraum für die Konzilsuniversität und feierliche Doktorpromotionen.
Bischof Johann von Venningen (+1478) richtete dort um 1458 für das Domkapitel eine Bibliothek ein. Er liess den Raum mit der grünen Leistendecke versehen und die Wände mit Protagonisten der unterschiedlichen Wissensgebiete und bedeutenden Zeitgenossen bemalen. So finden sich in rechteckigen Rahmen Abbilder des antiken Arztes Galen als Vertreter der Medizin und des Aristoteles für die Philosophie. In vier erhaltenen Rundbildern – ursprünglich mindesten neun – wurden zeitgenössische Persönlichkeiten im Zusammenhang mit dem Konzil abgebildet: ein Kaiser - möglicherweise Kaiser Sigismund (1368-1437), ein Papst – entweder Felix V. oder Pius II. (Aeneas Silvius Piccolomini) - sowie der Jurist und Erzbischof von Palermo, Nicolaus de Tudeschis. Der Stil der Malereien erinnert an Werke aus dem Umkreis des Konrad Witz (um 1400-1446).
Das mächtige, von Basilisken präsentierte Stadtwappen mit dem Datum 1596 über dem prächtigen geschnitzten Säulenportal betont die Aneignung des Saals und Lehrorts durch die Stadt nach der Reformation. Die Wände wurden geweisst und mit einer von Karyatiden getragenen illusionistischen Architektur überzogen. Sie suggerieren die Anmutung einer offenen Halle. Zwischen den schlanken Säulen hängen Spruchtafeln mit Texten aus der Bibel oder von zeitgenössischen Autoren in Griechisch, Lateinisch und Hebräisch. Nun fanden hier – neben Universitätsfeiern – wiederum Doktorpromotionen der theologischen Fakultät statt.
Nachdem aus dem Saal in den 1830er Jahren eine heizbare Winterkirche gemacht worden war, diente er wie der Konzilssaal als Museum für einen Teil der Mittelalterlichen Sammlung vor ihrem Umzug in die Barfüsserkirche.
Es heisst, motiviert durch den in Basel gewählten Papst Felix V., baute Bischof Arnold von Rotberg (1451-1458) den Bischofshof aus und bereicherte in den 1450 er Jahren die bisher recht bescheidene Residenz mit einer repräsentativen Toreinfahrt und einer kleinen Privatkapelle sowie weiteren Ausbauten. Auf der zweigeschossigen Einfahrt finden sich die für das 15. Jahrhundert so charakteristischen Bollenfriese mit stilisierten Blumenbouquets, die hier nach alten Befunden erneuert wurden.
Die getäferte Rotbergstube über der Einfahrt schmücken in Wein- und Akanthusranken gebettete Wappen der Familien von Rotberg und von Andlau. Zahlreiche kleine Figürchen musizierender und tanzender Putten sowie Atlanten als scheinbare Träger der Deckenbalken bevölkern die fein ausgearbeitete, in Form einer flachen Stichbogentonne sich wölbende Bälkchendecke. In den Ecken erscheinen gar Adam und Eva. Es ist überliefert, dass Bischof Johann V. von Venningen (um 1409-1478) «des gnedigen herrn stüblin» gerne zum intimen Beisammensein mit Gästen und Hofkünstlern bei Speis, Trank und Spiel nutzte.
Über einen Treppenturm erreicht man die bischöfliche Hauskapelle. Ein spitzbogiges Portal, überfangen von gemalten Krabben mit Figuren der Muttergottes Maria, einer Heiligen mit Kelch und einem Bischof, bildet den Zugang zum schmalen längsrechteckigen Raum, den drei Masswerkfenster beleuchten. Den Raum überspannt ein aufwändiges Rippengewölbe. Auf den Standort des Altars an dessen Ende verweist der dort angebrachte Schlussstein in Dreipassform mit Maria und dem Kinde. Die übrigen farbig gefassten Scheitelsteine tragen die Wappen des Bistums, der Familien von Rotberg, von Andlau und der Schaler. Eine ausserordentliche Kostbarkeit bildet der original erhaltene diagonal verlegte Tonplattenboden aus glasierten und mit Rosen, Wappen und Inschriften geschmückten Kacheln.
Seit 1528 nutzte kein Bischof den Bischofshof mehr, obwohl er bis zu Beginn des 19. Jahrhunderts, als er von der Stadt gekauft wurde, in bischöflichem Besitz blieb. Die evangelische Kirche erwarb ihn 1919 und passte ihn durch Umbauten der mittelalterlichen Bausubstanz ihren Bedürfnissen an.
